Terbentuknya Goa Pindul itu sendiri tidak terlepas dari adanya proses pelapukan pada wilayah kapur.Pelapukan adalah peristiwa penghancuran massa bantuan,baik secara fisik,kimiawi,maupun secara biologis.Proses pelapukan batuan membutuhkan waktu yang sangat begitu lama. Semua proses pelapukan umumnya dipengaruhi oleh cuaca. Batuan yang telah mengalami proses pelapukan akan berubah menjadi tanah.Apabila tanah tersebut tidak bercampur dengan mineral lainnya, maka tanah tersebut dinamakan tanah mineral.
Ada beberapa faktor yang mempengaruhi pelapukan batuan antara lain yaitu:
Keadaan struktur batuan
Struktur batuan adalah sifat fisik dan sifat kimia yang dimiliki oleh batuan.Sifat fisik batuan, misalnya warna batuan, sedangkan sifat kimia batuan adalah unsur-unsur kimia yang terkandung dalam batuantersebut. Kedua sifat inilah yang menyebabkan perbedaan daya tahan batuan terhadap pelapukan
Keadaan topografi
Topografi muka bumi juga ikut mempengaruhi proses terjadinya pelapukan batuan. Batuan yang berada dilereng curam cenderung akan mudah lapuk dibandingkan dengan batuan yang berada di tempat landai. Pada lereng yang curam batuan akan mudah terkikis karena langsung bersentuhan dengan cuaca sekitar
Cuaca dan iklim
Unsur cuaca dan iklim yang mempengaruhi proses pelapukan adalah suhu udara, curah hujan, sinar matahari, angin, dan lain-lain. Pada daerah yang memiliki iklim lembab dan panas, batuan akan cepat mudah mengalami pelapukan. Pergantian temperatur antara siang yang panas dan malam yang dingin akan semakin cepat proses pelapukan.
Keadaan Vegetasi
Vegetasi atau tumbuh-tumbuhan juga akan mempengaruhi proses pelapukan, sebab akar-akar tumbuhan tersebut dapat menembus celah-celah batuan. Apabila akar batuan tersebut semakin membesar, maka kekuatannya akan semakin besar pula dalam menerobos batuan.
Jika dikaji prosesnya, pelapukan yang terjadi di Goa Pindul adalah sebagai akibat adanya pelapukan secara kimiawi. Pelapukan kimiawi yaitu proses pelapukan masa batuan yang disertai dengan perubahan susunan kimiawi batuan yang lapuk tersebut. Proses yang terjadi dalam pelapukan kimiawi ini disebut juga dengan nama Dekomposisi.Pelapukan kimiawi banyak terjadi di daerah panas dan lembab sebab tersedianya air yang membasahi dan melarutkan batuan kapur Terdapat 4 macam proses yang termasuk pada pelapukan kimia, yaitu sebagai berikut:
- Proses Hidrasi, yaitu proses batuan yang mengikat batuan diatas permukaan saja. Proses pelapukan ini adalah air sebagai zat pelarutnya. Molekul-molekul air sebagai zat pelapuknya teradsorpsi (tertarik atau tertangkap)oleh satu zat
- Hidrolisa, yaitu proses penguraian air(H2O) atas unsur-unsurnya menjadi ion positif dan negatif. Jenis pelapukan ini terkait dengan pembentukan tanah liat
- Oksidasi, yaitu proses pengkaratan besi. Oksigen sebagai zat pelapuknya yang terlarut dalam air atau terdapat dalam udara yang lembab. Proses oksidasi terlihat pada pelapukan batuan yang banyak mengandung unsur besi dengan oksigen. Proses pelapukan ini berlangsung sangat lama, tetapi batuan akan pasti akan mengalami proses pelapukan
- Karbonasi, yaitu pelapukan batuan oleh karbondioksida (CO2). Gas ini terkandung pada uap air menjadi air hujan. jenis batuan yang mudah mengalami karbonasi adalah batuan kapur. Reaksi antara karbondioksida dengan batuan kapur akan menyebabkan batuan menjadi rusak. Pelapukan ini berlangsung dengan bantuan air dan suhu yang tinggi. Air yang banyak mengandung CO2 (karbondioksida) dapat dengan mudah melarutkan batu kapur (CacO2). Peristiwa ini merupakan pelarutan yang dapat menimbulkan gejala karst. Proses pelapukan batuan secara kimiawi di daerah karst disebut dengan kartifikasi.
Bentukan-bentukan relief yang terdapat didalam goa kapur tidak terlepas akibat adanya proses pelapukan kimia, berupa karbonasi. Zat pelapuk dalam proses ini adalah karbondioksida (CO2) yang bereaksi dengan air (H2O) menjadi kalsium bikarbonat
Karst merupakan salah satu bentuk pelapukan kimiawi. Karst adalah daerah yang terdiri atas batuan kapur yang berpori sehingga apabila ada air di permukaan maka akan selalu merembes ke dalam tanah.Gejala atau bentuk-bentuk alam yang terjadi di daerah karst diantaranya yaitu: dolina (lubang-lubang yang berbentuk corong), ponor (lubang yang air tanahnya dalam), goa dan sungai bawah tanah, Stalaktit (batuan yang bergantungan pada atap goa), stalakmit (batuan yang berada didasar goa).
Stalaktit dan stalakmit adalah bentuk alam khas di daerah karst. Stalaktit dan stalakmit terbentuk akibat dari proses pelarutan air di daerah kapur yang berlangsung secara terus menerus. Air yang larut di daerah karst akan masuk kelubang-lubang kemudian turun ke goa dan menetes-netes dari atap goa ke dasar gua. Tetesan air ini lama-lama berubah jadi batuan yang bentuknya runcing-runcing seperti tetesan air. Stalaktit adalah batu yang terbentuk di atap goa, bentuknya meruncing kebawah, sedangkan stalakmit merupakan batu yang terbentuk di dasar goa bentuknya meruncing ke atas.
Stalakmit adalah jenis speleothem (mineral sekunder ) yang membentuk suatu gundukan di lantai goa. Stalakmit terbentuk karena tetesan air dari atas langit-langit goa yang mengandung mineral, dan secara terus-menerus jatuh ke lantai goa tersebut terus mengendapkan material, dan membangun suatu gundukan.
Stalaktit adalah jenis speleothem (mineral sekunder ) yang menggantung dari langit-langit goa kapur. Ia termasuk dalam jenis batu tetes (dripstone). Stalaktit terbentuk akibat adanyapengendapan kalsium karbonat dan minerallainnya, yang terendapkan pada larutan air mineral. Batu kapur adalah batuan kalsium karbonat yang dilarutkan oleh air yang mengandung karbondioksida, sehingga membentuk larutan kalsium bikarbonat.
Goa Pindul merupakan Goa basah, karena terdapatnya sungai yang masih mengalir dari bagian depan hingga mulut goa di bagian belakang. Pada awal terbentuknya Goa Pindul dengan sungai yang mengalir berada didalamnya terjadi sebagai akibat karena adanya proses pelarutan oleh air hujan yang jatuh di daerah kapur meresap melalui celah atau retakan yang disebut diaklas, mengikis daerah yang dilaluinya maka retakan atau celah itu akan semakin lebar dan membesar Jika retakan atau celah membentuk lubang-lubang yang saling berhubungan dan terdapat aliran air maka terbentuklah sungai di bawah tanah
Terbentuknya sungai di bawah tanah yang berada di Goa Pindul sesuai dengan penjelasan yang dijelaskan oleh Teori Deep Phreatic-Cjivic (1893), Grund (1903), Davis (1930) dan Bretz (1942). Teori ini menjelaskan bahwa permulaanterbentuknya goa dan kebanyakan pembesaran pergoaan terjadi dikedalaman yang acak berada di bawah water table, sering kali juga terdapat pada zona phreatic yang dalam.Goa-goa diperlebar sebagai akibat dari korosi oleh air phreatic yang mengalir pelan.